Летняя школа «Биоинформатика в исследованиях развития и старения» прошла с 29 июля по 3 августа в До
Свою первую летнюю школу Институт биоинформатики провел еще в 2013 году. Что изменилось спустя шесть лет и чем отличалось мероприятие в этом году — в пост-релизе.
С 29 июля по 3 августа 2019 года в Долгопрудном на базе МФТИ проходила уже седьмая летняя школа по биоинформатике. Ежегодно в школе принимает участие 100 студентов и молодых ученых в области математики, информатики, биологии и медицины, которые делятся два потока: информатики-математики и биологи-медики.
Конкурс на школу стабильно высокий. Кандидаты проходят серьезный отбор: вводный онлайн-курс и конкурс анкет. В этом году школа объединила участников из 38 городов и 9 стран мира — России, Украины, Беларуси, Армении, Франции, Германии, Кореи, Китая и США.
Главной темой школы в 2019 году стала биоинформатика в исследованиях старения и развития. Применение биоинформатических методов позволило сделать существенный прорыв в этих областях, поскольку исследования комплексных процессов зачастую требуют системного вычислительного анализа. На данный момент в мире широко ведутся исследования по поиску паттернов эпигенетических изменений, характерных для развития и старения, выявляются новые молекулярные сигнатуры и маркеры, ассоциированные с этими процессами, анализируется влияние различных факторов среды и интервенций. Несмотря на это, старение остается одной из самых интригующих загадок биологии и ставит широкий спектр задач перед исследователями.
В программе школы лекции чередовались с практическими курсами. Цель школы — дать участникам не только обзорное видение области, но и понимание основных принципов работы методов, научить пользоваться полезными программами и пакетами, решать конкретные вычислительные задачи и задать вектор для дальнейшего развития в биоинформатике.
«Я наконец поняла, что такое PCA. Его широко используют в нашей лаборатории для разных целей. А еще я теперь поняла всю мощь R! Спасибо преподавателям практикумов с R Studio! Летняя школа помогла мне наметить канву для дальнейшего обучения методам биоинформатического анализа», — поделилась впечатлениями Анастасия Горшкова, студентка магистратуры в области наук о жизни Сколтеха.
В течение шести дней участники слушали лекции от ведущих ученых по молекулярной биологии, методам секвенирования, протеомике, машинному обучению, применению биоинформатики в исследованиях эпигенома в ходе развития организма.
Практические занятия были посвящены обработке данных с применением Python и R, построению пайплайнов, поиску биомаркеров в протеомных данных, анализу данных RNA-seq, ChIP-seq и масс-спектрометрии.
«Атмосфера потрясающая. Я очень люблю формат школ, когда много заинтересованных людей на 1-2 недели собираются в одном месте и много-много ботают. Программа очень интенсивная — ты приходишь в себя только вечером перед сном, потому что до этого момента у тебя просто нет на это времени. Больше всего запомнился Павел Яковлев — поскольку я сама медик, я оценила то, насколько подробно и просто он смог рассказать патогенез ревматоидного артрита,» — рассказала Соня Беляева, студентка 4-го курса медико-биологического факультета СибГМУ
Традиция школы — приглашать читать лекции ведущих ученых из международных исследовательских центров. В этом году лекции прочитали: Вадим Гладышев (Harvard Medical School), Татьяна Татаринова (University of La Verne), Елена Чуклина (ETH Zürich), Сергей Аганезов (Johns Hopkins University), Павел Синицын (Max Planck Institute of Biochemistry), Константин Оконечников (German Cancer Research Center), Петр Власов (Institute of Science and Technology Austria), Антон Чугунов (ИБХ РАН), Олег Шпынов (JetBrains Research), Алексей Сергушичев (Университет ИТМО), Денис Ребриков (РНИМУ, НМИЦ АГП им.Кулакова) и другие.
Интенсивная программа школы также включала конференцию и научные проекты.
Участники работали под руководством Юрия Барбитова, Павла Синицына, Алексея Сергушичева и Константина Зайцева. Проекты были посвящены изучению влияния генетических факторов на продолжительность жизни, анализу протеомов долгожителей C. elegans, исследованию экспрессии генов с течением времени и изучению транскрипционного шума в данных scRNA-seq мышей разного возраста.
В этом году школу поддерживали компании JetBrains, EPAM и BIOCAD. Видеозаписи лекций будут выложены на канале Института биоинформатики. Тезисы конференции и результаты работы над проектами будут опубликованы на сайте Института.
Конкурс на школу стабильно высокий. Кандидаты проходят серьезный отбор: вводный онлайн-курс и конкурс анкет. В этом году школа объединила участников из 38 городов и 9 стран мира — России, Украины, Беларуси, Армении, Франции, Германии, Кореи, Китая и США.
Главной темой школы в 2019 году стала биоинформатика в исследованиях старения и развития. Применение биоинформатических методов позволило сделать существенный прорыв в этих областях, поскольку исследования комплексных процессов зачастую требуют системного вычислительного анализа. На данный момент в мире широко ведутся исследования по поиску паттернов эпигенетических изменений, характерных для развития и старения, выявляются новые молекулярные сигнатуры и маркеры, ассоциированные с этими процессами, анализируется влияние различных факторов среды и интервенций. Несмотря на это, старение остается одной из самых интригующих загадок биологии и ставит широкий спектр задач перед исследователями.
В программе школы лекции чередовались с практическими курсами. Цель школы — дать участникам не только обзорное видение области, но и понимание основных принципов работы методов, научить пользоваться полезными программами и пакетами, решать конкретные вычислительные задачи и задать вектор для дальнейшего развития в биоинформатике.
«Я наконец поняла, что такое PCA. Его широко используют в нашей лаборатории для разных целей. А еще я теперь поняла всю мощь R! Спасибо преподавателям практикумов с R Studio! Летняя школа помогла мне наметить канву для дальнейшего обучения методам биоинформатического анализа», — поделилась впечатлениями Анастасия Горшкова, студентка магистратуры в области наук о жизни Сколтеха.
В течение шести дней участники слушали лекции от ведущих ученых по молекулярной биологии, методам секвенирования, протеомике, машинному обучению, применению биоинформатики в исследованиях эпигенома в ходе развития организма.
Практические занятия были посвящены обработке данных с применением Python и R, построению пайплайнов, поиску биомаркеров в протеомных данных, анализу данных RNA-seq, ChIP-seq и масс-спектрометрии.
«Атмосфера потрясающая. Я очень люблю формат школ, когда много заинтересованных людей на 1-2 недели собираются в одном месте и много-много ботают. Программа очень интенсивная — ты приходишь в себя только вечером перед сном, потому что до этого момента у тебя просто нет на это времени. Больше всего запомнился Павел Яковлев — поскольку я сама медик, я оценила то, насколько подробно и просто он смог рассказать патогенез ревматоидного артрита,» — рассказала Соня Беляева, студентка 4-го курса медико-биологического факультета СибГМУ
Традиция школы — приглашать читать лекции ведущих ученых из международных исследовательских центров. В этом году лекции прочитали: Вадим Гладышев (Harvard Medical School), Татьяна Татаринова (University of La Verne), Елена Чуклина (ETH Zürich), Сергей Аганезов (Johns Hopkins University), Павел Синицын (Max Planck Institute of Biochemistry), Константин Оконечников (German Cancer Research Center), Петр Власов (Institute of Science and Technology Austria), Антон Чугунов (ИБХ РАН), Олег Шпынов (JetBrains Research), Алексей Сергушичев (Университет ИТМО), Денис Ребриков (РНИМУ, НМИЦ АГП им.Кулакова) и другие.
Интенсивная программа школы также включала конференцию и научные проекты.
Участники работали под руководством Юрия Барбитова, Павла Синицына, Алексея Сергушичева и Константина Зайцева. Проекты были посвящены изучению влияния генетических факторов на продолжительность жизни, анализу протеомов долгожителей C. elegans, исследованию экспрессии генов с течением времени и изучению транскрипционного шума в данных scRNA-seq мышей разного возраста.
В этом году школу поддерживали компании JetBrains, EPAM и BIOCAD. Видеозаписи лекций будут выложены на канале Института биоинформатики. Тезисы конференции и результаты работы над проектами будут опубликованы на сайте Института.
Источник:
http://www.astrabel.lv/%d0%9a%d1%80%d1%83%d0%b3%d0%be%d0%b2%d0%be%d1%80%d0%be%d1%82%20%d0%b2%d0%b5%d1%89%d0%b5%d0%b9%20%d0%b8%20%d0%b4%d0%b5%d0%bd%d0%b5%d0%b3.htm